Цель Фонда — поддержка научно-исследовательских работ по всем направлениям фундаментальной науки, содействие повышению научной квалификации учёных, развитие научных контактов, в том числе поддержка международного научного сотрудничества в области фундаментальных исследований. Финансирование Фонда осуществляется за счет средств федерального бюджета. Допускается прием добровольных взносов от организаций и частных лиц для использования в уставных целях.
Для достижения основной цели Фонд:
проводит отбор проектов на конкурсной основе;
разрабатывает и утверждает порядок рассмотрения представляемых на конкурс проектов, порядок проведения экспертизы проектов и предложений;
осуществляет финансирование отобранных проектов и мероприятий, а также контролирует использование выделенных средств;
поддерживает международное научное сотрудничество в области фундаментальных научных исследований, включая финансирование совместных научно-исследовательских проектов;
осуществляет подготовку, выпуск и распространение информационных и других материалов о деятельности Фонда;
участвует в выработке предложений по формированию государственной научно-технической политики в области фундаментальных научных исследований.
За время своего существования РФФИ поддержал более 200 тыс. российских ученых. На долю получателей грантов РФФИ приходится более 30% всех статей российских ученых в авторитетных зарубежных научных изданиях